ある日、仮面ライダーゴーストこと天空寺タケル（西銘駿）の前に仮面ライダーダークゴースト（木村了）が出現。ダークゴーストの目的は、100人の英雄の眼魂（アイコン）を収集し究極の眼魂を作り上げ、全ての人間をゴーストにすることだった。タケルや深海マコト（山本涼介）、アラン（磯村勇斗）はダークゴーストに立ち向かう。

一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（GhostEyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。

为了保护人类免受未知的电脑病毒“崩源体病毒感染症”的感染与危害，假面骑士Ex-Aid（饭岛宽骑 配音）与来自电脑网络的敌人持续展开战斗。这一日，脱胎自经典电脑游戏《吃豆人》的游戏病毒生命体“吃豆人”突然袭来，人类世界陷入空前的危机。令人意想不到的是，该病毒危害性极其之大，甚至假面骑士Ghost的本体天空寺尊（西铭骏 饰）都受到感染，丧失了变身的能力。宝生永梦尝试查到神秘对手的真实身份，结果发现令他震惊的事实。在此期间，天空寺尊和宝生永梦都被逼入危险的境地。危急时刻，历代传奇假面骑士Brave（濑户利树 饰）、Specter（山本凉介 饰）、Snipe（松本享恭 饰）乃至Wizard（白石隼也 饰）、Drive（竹内凉真 饰）等相继现身。传奇战士齐聚一堂，为了人类的未来携手奋战！本片“假面骑士系列”诞生45周年纪念作品。