1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

杨明（黄秋生饰）在黑道中浸淫多年，早已经爬到了大哥的地位，可是，多年的摸爬滚打让杨明感到疲惫不堪，他只希望能够卸下帮派之中的繁杂事务，过一种平静的生活。一次偶然中，杨明结识了名叫阿媚（蔡卓妍饰）的茶餐厅老板娘，阿媚的温柔和善良让杨明印象颇深，随着时间的推移，杨明渐渐爱上了阿媚。然而，杨明并不知道的是，自己手下的小弟阿良（黄又南饰）亦对阿媚有着特殊的感情，两个男人之间的关系因为阿媚的存在而变得暗流涌动。与此同时，比尔一直在打着杨明店铺的主意，看到杨明和阿媚交往甚密，他决定将进攻的目标放在阿媚的身上。杨明和阿媚都不知道，他们正在渐渐陷入一场阴谋之中。