当Alex,MartyGloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日（从《马达加斯加：逃往非洲》后），四只企鹅（首领Skipper,智囊Kowalski,最年轻的Private和最疯狂的Rico)已经回到了纽约中央动物园，并在此地执掌管理大权。与此同时他们还要执行各种秘密任务，时不时地他们就要从动物园逃出来执行任务。正当这一队企鹅觉得自己已经运筹帷幄之际，新邻居——Julien，一只狐猴王搬来动物园。现在企鹅们必须为动物园首领的宝座与之展开角逐。四只肥嘟嘟、憨态可掬的企鹅简直喜爱到了无以复加的程度。这四只可爱的小家伙在动画片《马达加斯加》中作为配角出场，但是，它们的风头绝对盖过那四个言谈举止行为动作故作牵强滑稽状的狮子斑马河马和长颈鹿！你可以在这部影片的“附属产品”——《TheMadagascarPenguinsinaChristmasCaper》（中文译名：马达加斯加企鹅帮圣诞恶搞记）中欣赏到它们的精彩演出。

圣诞节临近，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默DavidSchwimmer配音）以及河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）决定正式告别马达加斯加，回到久违的纽约共度佳节。冷冷清清的送别晚会没能熄灭它们归去的热情，好伙伴们燃起热气球正式出发，可是却被狐猴王朱利安当作红色妖盗击落下来。不久，真的红色妖盗出现夜空，混乱之中亚历克斯阴差阳错将其打落，结果却发现所谓的红色妖盗竟然是圣诞老人！倒霉的是圣诞老人被砸失忆，为了不让全世界小朋友失望，亚历克斯他们和企鹅帮决定充当圣诞老人的助手，将礼物送到世界每一个角落。